Οι υπολογιστές αποκαλύπτουν 100.000 νέους ιούς σε γενετικά δεδομένα

Μια ομάδα επιστημόνων ανακάλυψε περισσότερους από 130.000 νέους ιούς RNA (όπως ο SARS-CoV-2 που προκάλεσε την τρέχουσα πανδημία covid-19), χρησιμοποιώντας ένα καινούργιο εργαλείο υπολογιστή.

Η διεθνής ομάδα χρησιμοποίησε ένα πρόγραμμα υπολογιστικού νέφους για να αναλύσει 5,7 εκατομμύρια βιολογικά δείγματα που συλλέχθηκαν σε όλο τον πλανήτη τα τελευταία 15 χρόνια.

Αυτό το εύρημα, το οποίο δημοσιεύεται στο περιοδικό Nature, αντιπροσωπεύει μια αύξηση έως και 10 φορές από τον αριθμό των ιικών ειδών RNA που ήταν γνωστά μέχρι σήμερα, επισημαίνουν οι ερευνητές.

Για αυτήν την ανάλυση, η διεπιστημονική ομάδα ανέπτυξε το Serratus, μια ανοιχτή υπολογιστική υποδομή που επέτρεψε σε επιστήμονες υπολογιστών, χρησιμοποιώντας ένα σύμπλεγμα 22.500 επεξεργαστών, να πραγματοποιήσουν μαζικές αναζητήσεις για ακολουθίες ιών σε εκατομμύρια Gigabyte διαθέσιμων δεδομένων.

Το Serratus βασίζεται στο λογισμικό βιουπολογιστών «Diamond», που δημιουργήθηκε από τον όμιλο Computational Molecular Evolution που βρίσκεται στο Ινστιτούτο Θεωρητικών Μελετών της Χαϊδελβέργης (HITS) και λειτουργεί σαν μια μηχανή αναζήτησης στο Διαδίκτυο.

Η λεπτομερής ανάλυση ορισμένων οικογενειών ιών επέτρεψε την ανακάλυψη περισσότερων από 30 νέων ειδών κορονοϊών, συμπεριλαμβανομένων ενδιαφέροντων παραδειγμάτων σε υδρόβια σπονδυλωτά, όπως ψάρια και αμφίβια.

Τόσο η βάση δεδομένων όλων των ιών που αποκτήθηκαν σε αυτήν την εργασία, όσο και το σύνολο των εργαλείων που αναπτύχθηκαν, είναι ελεύθερα και ανοιχτά διαθέσιμα.